С момента своего основания в 1999 году Миссионерский отдел активно работает при Академии, предоставляя студентам возможность добровольно участвовать в его деятельности под руководством преподавателей. Основная цель отдела заключается в распространении православной веры и обучении студентов основам пастырских и проповеднических навыков.
На протяжении существования миссионерского отдела студенты активно принимают участие в различных направлениях миссионерской работы по Сергиево-Посадскому округу. Посещение домов престарелых, интернатов, проведение бесед в школах, училищах, колледжах и вузах, визиты в воинские части, училища и военные госпитали, а также посещение исправительных колоний и восстановление храмов стали приоритетными направлениями миссионерской деятельности.
Московская духовная академия — старейшее высшее учебное заведение России, основанное в 1685 году. Среди её выпускников — первый русский сатирик князь Антиох Кантемир, учёный М.В. Ломоносов, математик Л.Ф. Магницкий и другие известные деятели русского просвещения.
