В XIX — начале ХХ века в его семье были священники, но с приходом советской власти духовная традиция оборвалась. Родители писателя были атеистами и сына не крестили.

Верить «во что-то» будущий писатель начал ещё в детстве. Сам он называет это время «периодом персонального язычества». Тогда в напряжённых жизненных ситуациях мальчик просто просил неизвестно кого, «кого-то», чтобы ему помогли: «Помогите!» И его жизнь действительно на какое-то время устроилась. А потом подросток задумался вдруг о тщете бытия:

«И тут, кстати, можно вспомнить, что человек в своём развитии повторяет путь человечества. Как большинство европейских народов перешли от язычества к христианству, так и у меня в шестнадцать лет совершился этот переход».

В шестнадцать лет Водолазкин осознал свою смертность:

«Осознал не в том смысле, что раньше вообще не подозревал о том, что люди умирают. Конечно же я, как и все, ещё в раннем детстве об этом знал. Но ребёнок до определённого возраста не относится к смерти серьёзно, не задумывается о ней применительно к себе. Смерть — это где-то там, далеко, это с кем-то другим… А вот когда начинается подростковый возраст, начинается физическое созревание, когда ребёнок, так сказать, перестаёт быть ангелом… Вот тогда мысли о смерти выходят на новый уровень. В каком-то смысле каждый человек повторяет путь Адама: тот ведь становится смертным после грехопадения, так и подросток в 14–16 лет, утратив детскую невинность, осознаёт, что ему — не кому-то там, а именно ему! — предстоит умереть. Я не смог вынести за скобки то, что я умру. Меня ведь не смерть пугала — меня пугала бессмысленность всех моих действий».

Факт собственной смертности потряс Евгения до глубины души:
«Зачем мне всё, если я уйду, стану травой, деревьями?..» Единственным ответом стала для него вера.

В крещении Водолазкину помог двоюродный брат, сам крестившийся за несколько лет до Евгения. Брат нашёл священника, отца Петра, который крестил будущего писателя тайно, без записи в церковных регистрационных книгах: молодой человек готовился к поступлению в Киевский государственный университет, а до церковных книг мог добраться КГБ, и абитуриента, добровольно принявшего крещение в сознательном возрасте, в университет бы не взяли.

Водолазкин стал тайно ходить в церковь. Никому об этом не говорил. Батюшка давал юноше религиозные книги. Товарищи двоюродного брата тоже снабжали его православной литературой — новообращённый много прочёл в первые годы после крещения.

В 1981 году, когда Евгений уже учился на первом курсе университета, с ним произошёл случай, в котором молодой человек сразу распознал явное действие Божие:

«Нам преподавали научный атеизм, и преподаватель на одном из семинаров начал поднимать всех в аудитории и задавать вопрос: «Вы верите в Бога или нет?» Я сижу, и мне страшно, потому что если отвечу, что не верую, то отрекусь от Христа. Вспомните евангельское:  а кто отречется от Меня пред людьми, отрекусь от того и Я пред Отцем Моим Небесным  (Мф  10:33). А признаться, что верую, — запросто вылечу из университета, я знал такие случаи. И вот я сижу — и не могу понять, что отвечу, когда очередь дойдёт до меня. Встаёт один человек, другой, третий… и вот уже следующим должен быть я. Но тут в дверь просовывается чья-то голова, говорит преподавателю: «Вас срочно вызывают в деканат». Преподаватель убегает и до конца занятия уже не возвращается».

Позже писатель ещё яснее осознал, что Господь тогда спас его, понимая его слабость. Заодно, видя, что такой крест юноше пока не по плечу, Он дал ему возможность трезво взглянуть на себя.

Сложно было студенту-христианину сдавать экзамены по научному атеизму. Как отвечать? Отрицать свою веру? Умные люди посоветовали Водолазкину использовать безличную интонацию: «Теория научного атеизма гласит то, что…», «в работе Владимира Ильича Ленина «Социализм и религия» говорится, что…» Но это не потребовалось — преподавателя более всего волновало, есть ли у студента конспект. Конспект у Евгения был, и потому его отпустили, не особо расспрашивая.

Говоря о своём отношении к смерти сегодня, когда «чувствуешь уже её приближение» и дыхание её с каждым годом всё ощутимее, когда умирают коллеги, друзья, Евгений Водолазкин признаётся, что смерти не боится — боится бессмысленности. И если уж продолжать жизнь — а продолжать её надо в любом случае, — то действовать нужно как можно лучше, осмысленней и ответственней.

Наталья ХАРПАЛЕВА, журнал «Фома»